SARS Covid 2 état des connaissances

SARS Covid 2 état des connaissances

7 avril 2020 Non Par Médecine d'urgence

SARS Covid 2 dossier complet de la SFAR lien : ICI 

Généralités

Le SARS-CoV-2 provoque actuellement une épidémie de Covid-19. Ce virus, de la famille des Coronaviridae, partage beaucoup de similitudes avec le SARS-CoV-1 de 2003, et partiellement avec le MERS-CoV (actuel), bien qu’il soit moins mortel. Son origine est encore aujourd’hui incertaine, mais la piste de la zoonose est la plus probable. La mortalité actuelle, en France, est estimée à 2-2.5%, le chiffre réel étant obligatoirement plus bas, car nous ne réalisons pas de dépistage systématique.

Selon les séries, 80% développent des symptômes légers ou modérés, 15% développent des symptômes sévères, et 5% développent des symptômes critiques. La mortalité en réanimation est d’environ 60%.

Virologie

Le virus est un virus à ARN, qui pénètre dans la cellule via les récepteurs ACE-2.

Le SARS-CoV-2 exprime par ailleurs une exoribonucléase, lui conférant une certaine résistance aux antiviraux. Le taux de mutation élevé (x8 au moins actuellement), la recherche explore actuellement les mutations possibles en Iran.

2 sérotypes :

  • Sérotype L (70%) responsable de l’épidémie originale au Wuhan.
  • Sérotype S (30%, mais en augmentation), responsable de la majorité des cas hors Chine.

Le sérotype L était supposé plus agressif, mais des différences de mortalité initiale entre les sérotypes ne sont plus d’actualité. La prévalence actuelle du SARS-CoV-2 ne doit pas faire oublier les autres infections virales, ou les co-infections, qui même si elles sont souvent bénignes, représentent entre 3 et 5% des cas.

Epidémiologie du SARS Covid 2

Généralités

La transmission se fait par manuportage, gouttelettes, aérosols et théoriquement voie fécale. Il n’y a pas de transmission materno-fœtale mise en évidence, ni par le lait. Néanmoins, des contaminations gouttelettes néo-natales sont décrites, et justifient les protections usuelles.

L’incubation moyenne est de 2-6 jours (max 14).

L’âge médian est de 50 ans, avec un sex-ratio à 60% d’hommes.

Contagiosité

Le R0 (= nombre de personnes qu’un individu touché peut infecter) est estimé entre 2 et 3 selon les études.

L’équipe de Massonaud a proposé une modélisation de l’épidémie, et des pénuries de lits qu’elle risque d’engendrer, avec 3 scénarios possibles.

  • Un R0 à 1.5 n’entrainerait de pénurie qu’en Corse. Les données actuelles semblent malheureusement infirmer ce scenario.
  • Un R0 à 2.25 entrainerait une pénurie dans la moitié de la France, en épargnant le grand Sud.
  • Un R0 à 3 entrainerait une pénurie dans toute la France. PACA serait saturé le 5 avril.

Les données épidémiologiques actuelles semblent nous placer entre le scenario 2.25 et 3.

COVID-19 et climat

Question souvent posée : l’arrivée des beaux jours et de la chaleur va-t-elle arrêter l’épidémie ?

Une équipe suisse tente d’y répondre en se basant sur les autres coronavirus saisonniers, et à la propagation observée en climat tropical (Singapour), et postule que si une diminution transitoire est possible, un arrêt complet de la propagation semble peu probable, et des pics « tardifs » liés notamment à la levée du confinement global et à la transmission interhumaine sont possibles. Ces résultats sont bien sûr limités par beaucoup d’autres paramètres.

Test

La PCR offre une sensibilité estimée à 70-80% selon les séries, avec un risque de faux négatif si matériel acellulaire ou si prélèvement trop précoce.

On peut retrouver le SARS-Cov-2 dans de nombreux prélèvements :

  • LBA (94%)
  • expectorations (72%)
  • écouvillonnage laryngé (32%)
  • selles (29%)
  • sang, cas très graves. (1%).

A noter que le Lancet vient de publier un lien intéressant entre charge virale élevée et la sévérité accrue de la maladie (et la durée de clairance virale).

Clinique du SARS Covid 2

Cas asymptomatiques

Il existe de nombreux cas asymptomatiques, dont les proportions varient énormément selon les études, allant de 17.9%

(Japon, sur le Diamond Princess), à 60% (Chine)

Présentation typique

  • toux rhinorrhée
  • fièvre
  • asthénie
  • douleur pharyngée
  • céphalée
  • expectorations, (6)
  • anosmie (sans obstruction nasale) / agueusie brutale est aussi très rapporté, notamment par la SFORL.

Présentations atypiques

Formes digestives

plus volontiers décrites dans les âges extrêmes, et provoquant une forme digestive avec diarrhée vomissements, parfois inauguraux, cytolyse hépatique voire colite dans certains cas.

Gériatrie

AEG, état confusionnel initialement non fébrile.

Contrairement à ce que l’on pensait, le pourcentage de patients âgés asymptomatiques est élevé et la présentation. Soixante-seize résidents d’une maison de retraite ont été systématiquement testés (PCR), 23 (30%) était positif, 13/23 (56%) étaient asymptomatiques et 2 (9%) avaient une symptomatologie complètement atypique (Morbidity and Mortality Weekly Report 3 Avril 2020).

Atteintes rénales

(protéinurie, hématurie possibles).

Autres manifestations pulmonaires

Des cas de pneumo médiastin spontané et d’hémoptysie sont rapportés.

Manifestations cutanées

L’analyse dermatologique systématique d’une série de 88 patients COVID-19+ a permis d’identifier 18 patients (20%) avec des lésions cutanées :

  • rash érythémateux (N=14)
  • urticaire (N=3)
  • vésicules de type varicelle (N=1).

Le tronc est la région anatomique la plus fréquemment atteinte (J Eur Acad Dermatol Veneol 26 Mars 2020).

Par ailleurs, on nous signale plusieurs cas de lésions d’orteils à type d’engelure (acrosyndrome) peut-être en rapport avec une vascularite chez des patients COVID-19+ (données non publiées). 

Pédiatrie

Sans que l’on sache encore bien pourquoi, les enfants semblent moins fréquemment et surtout moins gravement touchés par l’épidémie. Le CDC chinois rapporte que sur 72,314 cas (ce qui est quand même pas mal), moins de 1% concernait les 0- 10ans. 3 patients ont nécessité de la réanimation (mais tous avaient des comorbidités importantes), et on ne compte actuellement qu’un seul décès pédiatrique (10 mois, IAA avec défaillance multiviscérale). Une publication chinoise provisoire apporte de plus amples renseignements sur la population pédiatrique.

Cardiologie et COVID-19

Myocarde

Des tableaux compatibles avec des myocardites sont de plus en plus décrits (augmentation des troponines dans 4-28% des cas), et une augmentation des décès sur des petites séries en pre-print (19)), mais l’ESC se veut rassurante sur les myocardites, et se dresse contre nos craintes et observations cliniques en rappelant que malgré de nombreux tableaux de myocardite, spécialement chez les jeunes, AUCUN n’a été confirmé à l’autopsie, à ce jour.

Elle décrit donc plutôt une souffrance myocardique (AMI), qu’une authentique myocardite. Une piste possible est celle d’un tropisme cardiaque du SARS-CoV-2, car son site de liaison est situé sur les récepteur ACE-2, très présents dans le myocarde. A cela pourraient s’ajouter une hypoxie myocardique, une atteinte microvasculaire et bien sur un SIRS, responsable de l’élévation des troponines.

Embolie pulmonaire

De plus, si l’hypercoagulabilité et l’augmentation des EP décrites chez les patients COVID font l’unanimité.

HTA

Enfin, l’ESC ne recommande pas l’arrêt des thérapeutiques antihypertensives.

Gynécologie et COVID-19

La CNGOF a publié ses recommandations (21) et rappelle que l’hospitalisation n’est pas systématique, sauf si

  • hypoxémie avec SpO2 < 98%
  • et FR > 22
  • ou insuffisance respiratoire aigüe avec comorbidités.

L’admission en réanimation doit avoir lieu si

  • PaO2 < 70
  • ou oxygénorequérance avec comorbidités

Les corticoïdes ne sont pas contre-indiqués mais est à discuter au cas par cas de même que l’antibiothérapie par amoxicilline est à discuter si pneumocoque suspecté.

La TDM thoracique n’est pas contre-indiquée en cas de difficulté respiratoire.

Il n’y a eu de mise en évidence de lien entre COVID et pathologies de la grossesse à ce jour, hormis quelques accouchement prématurés, dont l’imputabilité au COVID-19 est discutable. (4)

COVID-19 et génétique

Nature a publié une étude sur le polymorphisme génétique entre différentes populations à travers le monde, concernant l’ACE 2, qui est le récepteur au Sars-CoV-2, et retrouve d’importante différences selon les continents et ethnies, postulant que ces différences pourraient être liées à la différence des tableaux de COVID-19 selon certains pays.

De plus amples recherche permettront de déterminer s’il existe un lien entre l’expression et le polymorphisme d’ACE, et la

susceptibilité envers le SARS-Covid-2, ainsi que sa sévérité.

Paraclinique

Biologie sanguine

  • Lymphopénie (85%, corrélée à la gravité)
  • thrombopénie (40%, avec TP > 16 comme facteur de gravité)
  • CRP >10 mg/L (60%)
  • CPK >185 (facteur de gravité),
  • LDH >250 (facteur de gravité)
  • Cytolyse hépatique (15%, avec risque de réactivation d’hépatites chroniques)
  • Procalcitonine >0,5 ng/mL (5%)
  • D-Dimères positifs (50%) (facteur de gravité > 1mcg/mL)

Biologie urinaire

Albuminurie et protéinurie sont aussi décrites, surtout chez les patients hospitalisés.

Recommandations de la Société Française de Radiologie

Scanner (TDM)

Sensibilité 97%, spécificité 25%, VPP 65%, VPN 83% (anomalies maximales à J1 0)

Quelles sont les indications d’imagerie et quel type d’examen réaliser ?

  1. Il n’y a pas de place pour la radiographie thoracique, si une imagerie est indiquée, il faut réaliser un scanner.
  2. Chez des patients sans gravité clinique ni co-morbidités, pour lesquels il existe une hésitation diagnostique entre pneumopathie bactérienne ou bien atteinte Covid-19, les arguments cliniques (foyer auscultatoire, douleur thoracique) et biologiques (hyperleucocytose) doivent prévaloir, et une PCR peut être indiquée en cas de fièvre résistant à l’antibiothérapie, plutôt que la prescription d’une imagerie.
  3. Il n’y a actuellement pas d’indication à réaliser un scanner thoracique à des fins de dépistage chez des patients sans signes de gravité et sans comorbidités.
  4. La réalisation d’un scanner thoracique sans injection en coupes fines est actuellement indiquée chez les patients ayant un diagnostic suspecté ou confirmé et des signes de gravité clinique (dyspnée, désaturation…) initiaux ou secondaires relevant d’une prise en charge hospitalière. Elle peut également se concevoir chez des patients suspects avec co morbidités, en attente des résultats de PCR, ou bien en première ligne si les délais et disponibilité de PCR deviennent limitants, ce qui semble se profiler.
  5. Chez les patients Covid-19 positifs en soins intensifs et réanimation, présentant une aggravation, l’examen tomodensitométrique doit rechercher une aggravation des lésions avec évolution vers un tableau de SDRA, mais également un pneumothorax sous ventilation ou bien une complication thrombo-embolique et doit donc être réalisé avec injection.

Aspects tomodensitométriques rencontrés ?

Illustrations à partir de ces quelques cas cliniques commentés.

Il s’agit essentiellement de plages de verre dépoli non systématisées à prédominance sous pleurale, et à un stade plus tardif de condensation alvéolaire. Il n’y a en règle pas d’excavation, de nodules, de masses. Les micronodules bronchiolaires, les adénopathies médiastinales et épanchements pleuraux sont rares, en sachant que des épanchements sont possibles en cas de décompensation cardiaque.

Echographie

Très sensible comme sur toutes les pathologies respiratoires aigues, avec de bons résultats préliminaires dans le COVID- 19 . Lignes B, épaissement pleural, condensation) et un lien entre images et gravité, mais sur des petites cohortes.

Par ailleurs certains auteurs soulignent l’intérêt de l’écho pour limiter la propagation chez les patients suspect (facilité de nettoyage des sondes). (26)

Critères de gravité

Les critères de gravité cliniques sont ceux de la détresse respiratoire

  • FR > 30
  • FC 120 bpm
  • dysfonction d’organe associée
  • SaO2 < 93% en AA
  • besoins en O2 pour SaO2 90% à 6L, parfois dès 4L.

Les critères de gravité biologiques retenus sont

  • les CPK >185
  • les LDH  >250 (discuté)
  • La troponine
  • les DDimères élevés semblent aussi associés à une plus grande mortalité.

Prise en charge

Symptomatique (ventilation)

Procédure de prise en charge pneumologique hors réanimation des patients hospitalisés dans le cadre de la pandémie COVID19 

Oxygénothérapie

L’oxygène doit être utilisé en cas de pneumopathie grave à CoVID19 probablement dès que la SpO2<92% avec une cible de SpO2 entre 92 et 96%

La ventilation non invasive

En cas d’échec de l’oxygénothérapie sous toutes ses formes disponibles, la VNI peut être utilisée s’il n’y a pas d’indication urgente d’intubation ou en solution d’attente en cas de non-disponibilité de ventilation invasive.
Cette solution doit être faite sous haute surveillance, avec le médecin réanimateur présent ou au moins prévenu.
L’interface utilisée doit être a) celle disponible b) la mieux maitrisée par l’équipe. Il n’y a pas d’avantage à l’utilisation d’un casque (HELMET) mais reste une option si l’équipe en a l’expérience.
L’interface adaptée avec un filtre pour éviter la contamination du personnel.

L’HCSPA propose de ne garder la VNI que pour les situations « ou elle a prouvé son efficacité », c.a.d OAP cardiogénique et BPCO, attitude confirmée par les recommandations de la SPILF et de la SFMU.

Rappelons aussi que les corticoïdes utilisés dans le cadre d’une décompensation aigue de pathologie respiratoire (type asthme) ne sont pas contre-indiquées, et doivent être administrés, de même que les traitements de fond.

La pression positive continue

En cas d’échec de l’oxygénothérapie sous toutes ses formes disponibles, la PPC peut être utilisée s’il n’y a pas d’indication urgente d’intubation ou en solution d’attente en cas de non-disponibilité de ventilation invasive.
Cette solution est plus simple, moins couteuse et possiblement moins délétère que de la VNI, elle est réalisée sous haute surveillance, avec le médecin réanimateur présent ou au moins prévenu.
L’interface utilisée doit être a) celle disponible b) la mieux maitrisée par l’équipe. Il n’y a pas d’avantage à l’utilisation d’un casque (HELMET) mais reste une option si l’équipe en a l’expérience.
L’interface adaptée avec un filtre pour éviter la contamination du personnel

L’oxygène haut débit et humidifié (OHD)

En cas de pneumopathie hypoxémiante grave à COVID19 en cas d’inefficacité de l’O2 conventionnel le haut débit humidifié oxygéné peut être envisagé, mais en tenant compte du risque d’aérosolisation de particules virales et des limites techniques de certains appareils en cas de FiO2 élevée nécessaire.

Les traitements nébulisés

  • Les traitements nébulisés limités au maximum.
  • Évaluer la possibilité d’administrer des béta-2-mimétiques d’une autre manière (en spray,
    poudres). En l’absence d’alternative, éviter de se tenir dans un périmètre de 1m autour du patient pendant les nébulisations et aérer la chambre pendant l’aérosol.
  • Chez le patient trachéotomisé, ne pas diriger le circuit vers soi lors des déconnexions

L’In/EXsufflateur

L’In/Exsufflateur doit être restreint aux indications reconnues d’aide à la toux, notamment chez les malades atteints de maladies neuromusculaires en protégeant au maximum le personnel soignant

Les aspirations trachéales

En cas de malade trachéotomisé qui ne se débranche pas du ventilateur, Il est conseillé, tant que le malade est contagieux, l’utilisation systématique d’un dispositif d’aspiration trachéale protégé de type « système clos », qui peut rester en place 7 jours

logigramme de prise en charge de l’insuffisance respiratoire aiguë due à COVID19

logigramme de prise en charge d'un SARS COVID

Ventilation invasive

procédure d’intubation, SFAR

 

Procédure « aérosolisante » : masque FFP2 protection complète

Procédure autre (dont ventilation mécanique en circuit clos) : masque chirurgical. Si VNI, on part sur une aide à 10 et une PEEP à 5, (standard).

En première intention utilisation d’une vidéo laryngoscope. On gonfle le ballonnet avant le raccord des tubulures (sonde/respi)) les dispositifs supra glottiques font débat actuellement et ne figure pas dans les recos actuelles. On reste sur une ventilation protectrice (6ml/kg). Pplat maximale à 30cmH2O.

En cas d’IOT, les drogues pour la CRUSH sont les drogues usuelles.

Si le patient est en état de choc :

  • un remplissage par cristalloïdes (NaCl: 30ml/kg), objectif PAM > 65 mmHg
  • utilisation de noradrénaline

COVID et traitement anticoagulant

Les recommandations pour les patients COVID-19+ hospitalisés viennent de sortir (GIHP & GFHT ; le 3 Avril 2020) !

IMC< 30 kg/m2

  • avec ou sans oxygénothérapie au masque: enoxaparine 4000 UI SC/jour.
  • avec Oxygène Haut Débit (Optiflow®️) ou ventilation mécanique : enoxaparine 4000 UI SC x2/jour.

IMC ≥ 30 kg/m2

  • sans facteurs de risque thromboemboliques : enoxaparine 4000 UI x2/jour.
  • avec facteurs de risque thromboemboliques ou syndrome inflammatoire marqué (fibrinogène > 8 g/L) ou hypercoagulabilité (D-dimères > 3000) : HBPM à dose curative (enoxaparine 100 UI/kg x2/jour SC sans dépasser 10.000 UI par injection SC).

Adaptez les doses à la fonction rénale.

SARS Covid 2 et traitement

La ribavirine et les corticoïdes ont montré soit une absence d’amélioration, soit une aggravation du pronostic (selon les séries) et ne sont donc pas indiqués.

Plusieurs autres études sont en cours. Les essais DISCOVERY (Europe) et SOLIDARITY (international) en cours (très attendus !). Composé de 4 bras, ils incluent Kaletra, Kaletra + IFNp, Hydroxychloroquine et Remdésivir.

Enfin, un essai américain teste actuellement un vaccin sur 45 volontaires, et des tests de sérothérapies sont en cours.

Traitement curatif SARS Covid

Il n’existe pas de traitement spécifique validé à ce jour.

Remdesivir

activité in-vitro prouvée, pas d’études sur l’efficacité in vivo. Il existe un protocole de la SFAR sans preuve d’efficacité.

Lopinavir/ritonavir (Kaletra)

une étude basée sur la charge virale et l’amélioration clinique, ne retrouve malheureusement pas d’efficacité, et quelques effets secondaires. Ce protocole est quand même appliqué dans certains pays et certaines réanimations.

Chloroquine (ou plutôt hydroxychloroquine, HCQ)

L’efficacité in vitro a été démontrée (baisse de la charge virale), et l’effet in vivo se base sur 4 études : une étude chinoise chez les patients hospitalisés non concluante (données non publiques), deux publications Marseillaises pointées du doigt pour une méthodologie atypique (excluant les échecs de traitement) et une seconde étude chinoise, à la méthodologie très discutable, concluant

L’association avec l’Azythromicine vise théoriquement à éviter le risque de surinfection bactérienne. Ce protocole CQ + AZT s’utilise dans plusieurs pays et services de réanimation en France.

ANSM, Plaquenil et Kaletra : les traitements testés pour soigner les patients COVID-19 ne doivent être utilisés qu’à l’hôpitalLIEN Point d’information

Anticorps monoclonaux

Des essais cliniques en cours, aucune validation pour le moment.

Umifenovir

Un essai en cours pour le SARS-Covid-2.

Evolution

Amélioration

L’évolution spontanée se fait vers la guérison dans 98% des cas.

Rappelons que même en cas de guérison, l’excrétion virale dure plus longtemps que la maladie (médiane entre

12 et 20 jours selon les séries), et que les séries de Singapour retrouvent une PCR positive chez 44% des patients guéris.

SARS Covid 19 et groupes sanguins

Une étude chinoise (en pre-print) sur 1800 cas, semble montrer un plus grand risque de contagion, et une sur-mortalité chez les patients de groupe sanguin A, et un risque plus faible chez les patients de groupe O, qui est très majoritaire en Chine (O+),

corroborant ainsi les résultats déjà observés pour le SARS-CoV-1.

En France, le groupe A+ est très légèrement plus courant que le groupe O+, comme en Italie et en Allemagne.

Le mécanisme proposé est que les Ac-Anti-A inhibent l’adhésion du SARS-CoV-2 sur le site de l’ACE-2.

Réinfection et immunité

La réinfection semble finalement peu probable ; les cas énoncés (positivité de la PCR après quarantaine, et traitement antiviral, chez des patients initialement infectés et testés négatifs après) semblent plutôt liés a de probables faux négatifs du test, qu’a une réelle surinfection. Cette étude pose la question du retour à la vie courante de ces patients.

Peu de données sont actuellement disponibles sur l’immunisation post-covid. Une étude chinoise évaluant les effets d’une sérothérapie (avec du plasma de patient convalescent) est actuellement en cours.

Complications du SARS Covid 2

Néanmoins, des complications peuvent apparaitre, avec un pic d’aggravation a J7 (5-10) :

  • Surinfection bactérienne peu courante
  • Dyspnée : délai médian 5-8 jours
  • Syndrome de détresse respiratoire aigüe : Délai médian de 8 jours, prévalence 1-3%
  • Complications cardiaques : Troubles du rythme (17%), insuffisance cardiaque aigue (7%), choc cardiogénique (9%) (34)

Les séries chinoises ont mis en évidence un certain nombre de facteurs de risque :

  • Diabète : OR = 5 (35)
  • Cancer solide : OR = 3.56 (36)
  • Immunodéficience : débattu. Facteur protecteur par diminution de l’orage cytokinique ? (37)

Notons qu’il n’existe pas de données solides pour la grossesse, l’insuffisance rénale chronique, les transplantés, etc. Le principe de précaution s’applique.


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